कोपेसिस
| आरंभिक रिलीज | October 11, 2004 |
|---|---|
| Stable release | 4.25 (Build 207)
/ March 15, 2019 |
| इसमें लिखा हुआ | C++ |
| ऑपरेटिंग सिस्टम | Linux, macOS and Microsoft Windows |
| प्लेटफॉर्म | Qt |
| लाइसेंस | Artistic License |
| वेबसाइट | copasi.org |
कोपेसिस[1] (कॉम्प्लेक्स पाथवे सिमुलेटर) मेटाबॉलिक नेटवर्क, सेल-सिग्नलिंग पाथवे, नियामक नेटवर्क, संक्रामक रोग और कई अन्य जैसी जैविक प्रक्रियाओं के गणितीय मॉडल बनाने और हल करने के लिए एक ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर एप्लिकेशन है।
इतिहास
COPASI Gepasi पर आधारित है[2] सिमुलेशन सॉफ्टवेयर जिसे 1990 के दशक की शुरुआत में पेड्रो पेड्रोसा मेंडेस द्वारा विकसित किया गया था। COPASI के प्रारंभिक विकास को वर्जीनिया जैव सूचना विज्ञान संस्थान और क्लॉस त्सचिरा फाउंडेशन द्वारा वित्त पोषित किया गया था। वर्तमान विकास प्रयासों को राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान, बीबीएसआरसी और जर्मन शिक्षा मंत्रालय के अनुदान द्वारा समर्थित किया जाता है।
विकास दल
COPASI मैनचेस्टर विश्वविद्यालय (यूके), हीडलबर्ग विश्वविद्यालय (जर्मनी) और वर्जीनिया बायोइनफॉरमैटिक्स इंस्टीट्यूट (यूएसए) के बीच एक अंतरराष्ट्रीय सहयोग का परिणाम है। परियोजना के प्रमुख जांचकर्ता पेड्रो पेड्रोसा मेंडेस और उर्सुला कुमेर हैं। मुख्य सॉफ्टवेयर आर्किटेक्ट स्टीफन हुप्स और स्वेन साहले हैं।
विशेषताएँ
COPASI में जैविक प्रक्रियाओं के मॉडल को परिभाषित करने, इन मॉडलों का अनुकरण और विश्लेषण करने, विश्लेषण रिपोर्ट तैयार करने और एसबीएमएल में आयात/निर्यात मॉडल की विशेषताएं शामिल हैं।
- मॉडल परिभाषा: मॉडल को आणविक प्रजातियों के बीच रासायनिक प्रतिक्रियाओं के रूप में परिभाषित किया गया है। मॉडल की गतिशीलता व्यक्तिगत प्रतिक्रियाओं से जुड़े दर कानून द्वारा निर्धारित की जाती है। मॉडल में डिब्बे, ईवेंट और अन्य वैश्विक चर भी शामिल हो सकते हैं जो सिस्टम की गतिशीलता को निर्दिष्ट करने में मदद कर सकते हैं।
- कार्य: कार्य विभिन्न प्रकार के विश्लेषण हैं जिन्हें एक मॉडल पर निष्पादित किया जा सकता है। इनमें स्थिर अवस्था (रसायन विज्ञान) | स्थिर अवस्था विश्लेषण, स्तुईचिओमेटरी, नियतात्मक और स्टोचैस्टिक सिमुलेशन एल्गोरिदम का उपयोग करके समय पाठ्यक्रम सिमुलेशन, चयापचय नियंत्रण विश्लेषण, ल्यपुनोव प्रतिपादक की गणना, समय पैमाने पृथक्करण, पैरामीटर स्कैन, अनुकूलन और पैरामीटर अनुमान शामिल हैं।
- आयात और निर्यात: COPASI SBML प्रारूप के साथ-साथ Gepasi प्रारूप में भी मॉडल पढ़ सकता है। COPASI SBML, C (प्रोग्रामिंग भाषा) प्रोग्रामिंग भाषा में स्रोत कोड, बर्कले मैडोना फ़ाइलें, और XPPAUT फ़ाइलों सहित कई अलग-अलग प्रारूपों में मॉडल लिख सकता है।
यह भी देखें
संदर्भ
- ↑ Hoops, S.; Sahle, S.; Gauges, R.; Lee, C.; Pahle, J.; Simus, N.; Singhal, M.; Xu, L.; Mendes, P.; Kummer, U. (2006). "COPASI--एक कॉम्प्लेक्स पाथवे सिम्युलेटर". Bioinformatics. 22 (24): 3067–3074. doi:10.1093/bioinformatics/btl485. PMID 17032683.
- ↑ Mendes, P. (1993). "GEPASI: A software package for modelling the dynamics, steady states and control of biochemical and other systems". Computer Applications in the Biosciences. 9 (5): 563–571. doi:10.1093/bioinformatics/9.5.563. PMID 8293329.